卵巢巧克力囊肿对胎儿没有直接影响，但巧克力囊肿在怀孕期间会发生变化，如破裂会造成早产甚至流产，对胎儿有一定影响。卵巢巧克力囊肿是子宫内膜异位症的主要表现形式，表现为卵巢内有中等大小的囊肿，里面充满巧克力样液体。卵巢巧克力囊肿通常与周围有粘连，会降低生育能力，如果卵巢巧克力囊肿导致不孕，需手术治疗，但如果怀孕，巧克力囊肿不会直接影响胚胎生长发育。
巧克力囊肿患者在怀孕期间如发生并发症，则会有潜在影响。常见并发症为巧克力囊肿破裂，随着子宫增大、牵拉，压迫巧克力囊肿，造成囊肿破裂，表现为急性下腹痛、急腹症，并引起宫缩，甚至增加流产、早产的风险，需及时手术，但此类情况比较少见，大部分巧克力囊肿可以在孕期平安度过。
