肺脓肿的治疗，首先是一般处理。因为肺脓肿有脓腔，里面有脓液，先要想办法将脓液引流出来。临床上有体位引流，就是尽量让脓腔处于高位，然后通过支气管把脓液引流出来，也可通过纤支镜引流，将脓腔里面的脓痰吸出。如果脓腔比较靠近胸壁，还可以通过穿刺引流。只有保证引流，才会有下一步的恢复。

此外，因为都是感染形成的肺脓肿，大部分是厌氧菌、细菌感染，所以通常有针对性的选用抗厌氧菌的药物来治疗。肺脓肿抗炎治疗的疗程会比较长，输液的时间可能会达到3-4周，比普通肺炎的治疗时间更长。