晚期胃肠道间质瘤通常是指已经出现了复发转移，没有手术机会的肿瘤，对于这部分肿瘤，通常暂时不考虑手术，可以先考虑伊马替尼治疗。肿瘤缩小以后，患者的各方面情况允许，再考虑进行手术治疗，尽量完整切除肿瘤和耐药的肿瘤克隆。
如果无法手术，肿瘤继续发展，可以考虑进一步更换药物治疗。通常药物的选择根据TKI的治疗推荐一线、二线、三线来进行选择，通过药物的治疗能够控制肿瘤，延长患者的生存。近年来有多款针对胃肠道间质瘤的靶向药物在国内获批，除了最常用的一线伊马替尼之外，还有二线的药物舒尼替尼，三线的药物瑞戈非尼，以及2021年获批上市的四线药物瑞派替尼，以及针对D842V突变的阿伐替尼，这些药物都是复发转移的胃肠道间质瘤患者的靶向药物选择。
晚期的胃肠道间质瘤患者长期服用这些靶向药物，承受着较重的经济负担和不良反应，同时处于复发转移的心理压力之下，经常会觉得焦虑不安，生活质量受到影响。但随着医学的进步和科技的发展，胃肠道间质瘤生存的情况已经大大改善，胃肠道间质瘤已经进入了慢性病的范畴，即使是晚期肿瘤，通过积极的治疗，总体治疗效果也比胃癌或者结直肠癌要好。因此患者应该抱有信心，积极乐观的心态才能够战胜病魔。
