流行性出血热在发热期会出现典型三红三痛临床表现，当早期发现时就可以进行早期诊断。三红指颜面部、颈部和胸部充血，病人为酒醉貌，原因是毛细血管损害，故患者表现出皮肤充血、水肿症状。三痛一般就是头痛、腰痛和眼眶痛，也是毛细血管损害后引起的组织脏器水肿表现。但因头颅是骨性结构，眼眶也是骨性结构，所以内部组织水肿、肿胀后可感觉到明显疼痛，甚至有患者还会出现脑压增高，从而引起喷射性呕吐症状。

此外，部分患者会因肠系膜明显水肿引起腹痛，甚至以急腹症就诊于外科。流行性出血热是全身多脏器损害疾病，故部分病人是从其他科室发现后转到感染科。