因为卵巢可以发生很多种囊肿，因为囊肿性质不一样，所以治疗方法就不一样，不存在某一种药物治疗所有卵巢囊肿的情况。如果是黄素化囊肿，即发生于黄体期的囊肿，一般不用药也可以自行消除，这种囊肿也被称为生理性的囊肿，可能过一段时间就可以自行萎缩、消失。

还有一种是常见的巧克力囊肿即子宫内膜异位样囊肿，这种主要是由于有活性的子宫内膜组织异位到卵巢里面，然后在卵巢里面反复出血，所以月经周期反复出血，形成囊肿。这种囊肿没有特效药，一般是通过手术将巧克力囊肿给剥除，然后再通过药物来抑制复发。

目前临床上常用的药物就有GnRHa类药，如达菲林(注射用醋酸曲普瑞林)、亮丙瑞林，以及短效避孕药，现在也新出了新药，根据医生的选择不同治疗方案不同，基本上比较多见的就是这种药。

此外，还有卵巢的浆液性肿瘤、黏液性肿瘤，这样的囊肿基本上用药效果也不是特别好，通常小的就观察，大的就做手术。还有一种特殊的是卵巢炎性形成的囊肿，如果是已经积脓，就抗炎治疗，抗生素治疗之后再做手术，才能达到彻底清除的效果。

如果只是形成积液，没有形成积脓，临床上足量、连续的用药，一般用10-14天的抗生素，静脉用2年的抗生素，用完之后再辅以中药，比如康妇消炎栓或者其他中药。经过长期的调理，期待药效能够长久的维持，达到最好的治疗目的。