克林霉素甲硝唑搽剂主要治疗面部痤疮，面部痤疮表现为粉刺、红丘疹、脓疱甚至囊肿,意味着有细菌感染。许多求美者认为是不干净，使劲洗脸揉搓。脸上痤疮的感染是痤疮棒状杆菌感染，在毛囊深部的痤疮棒状杆菌是厌氧菌。

若内分泌比较旺盛，油脂分泌旺盛，痤疮棒状杆菌可大量繁殖产生炎症。炎症细菌是厌氧菌，与葡萄球菌不同，需要比较特殊的抗生素，克林霉素、四环素族，以及替硝唑对厌氧菌有一定效果。

不是所有的抗生素都可配成外用药，如青霉素是常用的系统用抗生素但不能配成外用药。而系统不太常用的抗生素可以配成外用药，比如克林霉素，甲硝唑，红霉素都可配成外用药，对细菌有一定的抑制作用。

用于痤疮皮疹，外用搽剂抹到红丘疹或脓疱部位有抗菌作用，对痤疮有治疗作用。