确诊伤寒最可靠的依据是病原学诊断，伤寒是由伤寒沙门氏菌感染引起的一种肠道疾病，所以无论血液、骨髓，还有粪便，只要能培养出伤寒沙门氏菌属即可确诊此疾病，故病原学检出是确诊金标准。对于一种疾病，不能单靠一个检查确定，在疾病诊断过程中，需要根据临床表现和辅助实验室检查进行最后综合诊断。
伤寒是一种传染病，因此需结合患者是否发生在流行季节，以及是否到过疫区、是否有不洁食物史等进行综合考虑，比如太原理工大伤寒流行，第一个病例特别严重，患者确定诊断后，相继有同校区的同学过来就诊，便很容易诊断为伤寒，因为其符合流行病学资料，比如发生在流行季节、来自流行地区，有发热、伤寒面容、玫瑰疹、白细胞水平降低、有嗜酸细胞比例降低、肝脾肿大、肥达氏反应阳性等典型伤寒临床表现。
