急性胃肠炎患者如果伴有发热，大多数是感染性腹泻，首先需进行抗感染治疗。在抗感染基础上，如果还有发热情况出现，其次需退热治疗，一般如果体温在38.5℃以下，没有明显头痛、全身乏力症状出现，对症治疗即可，比如补液、多进食、多饮水，也可以物理降温，比如温水擦浴等。

如果体温高于38.5℃，甚至达到39℃或者更高，或者体温没有达到38.5℃，有非常明显的头痛、全身乏力等症状时，可以口服或者静脉、肌注药物退热。口服药物通常选用对乙酰氨基酚、布洛芬，对于口服有禁忌或者没有办法完成口服的部分人群，可以采取肌注方式，比如肌注双氯芬酸、柴胡、复方氨基比林达到退热目的，也可用塞肛制剂，比如双氯芬酸栓剂可以起到退热作用。