牙槽脓肿属于牙体牙髓疾病，牙周组织为健康。牙周脓肿属于牙周疾病，是牙周炎晚期常见的临床表现。出现牙槽脓肿的患牙，常有牙体缺损，比如龋坏、牙面重度磨损等情况，而出现牙周脓肿的患牙，往往牙体完整，牙槽脓肿疼痛程度较牙周脓肿的疼痛程为严重。

牙槽脓肿更靠近牙根的位置，也就是离牙龈较远的位置，因为牙周疾病导致根周牙槽骨的吸收，所以牙齿松动度要比牙槽脓肿更为明显，牙槽脓肿病程较长，一般是在5-6天。牙周脓肿病程相对较短，大约持续3-4天的时间。牙槽脓肿急性症状解除之后，要对患牙进行系统的牙周治疗，控制牙周炎症的发生与发展。