尿道下裂往往合并阴茎短小，患者可口服或局部使用激素，如睾酮、双氢睾酮及绒毛膜促性腺激素等治疗。为预防术后并发症，建议患儿于激素治疗3个月后进行手术。虽然尿道下裂与阴茎短小通常合并在一起，是同一机理引起的问题，但需要不同的处理方式。当处理尿道下裂时，可处理异位的尿道口和尿道板，但是阴茎短小并不能完全得到解决，因此应用激素是比较好的选择。此外，随着患儿发育，阴茎也会逐渐增大，患者阴茎短小的问题可逐渐解决。