低位直肠癌一般指距肛门6-7cm以下的肿瘤。手指可能有6-8cm左右，所以低位直肠癌在做检查时，最好的检查手段是肛门指检，可以触及直肠肿瘤，直观感受肿瘤大小、活动度，范围等。因此指检是最初的体格检查内容。
除手指指检之外，还需要进行其它辅助检查，比如直肠磁共振、盆腔CT，以及胸腹部CT。直肠局部最主要的是直肠磁共振，因为磁共振与CT最大差别在于影像学剖析内容不同，磁共振更关注肠周围淋巴结。对于稍微偏迟的Ⅱ、Ⅲ期直肠肿瘤患者，通过磁共振可以了解到T分期，肿瘤浸润以及周围淋巴结。
直肠的超声以及超声探头可通过肛门进入观察直肠肿瘤大小、浸润范围。此方法一般针对相对偏早期直肠癌，比如T1期，肿瘤浸润很浅，此时可以通过超声了解其浸润深度。
