肾移植手术的并发症主要分为近期并发症和远期并发症，具体如下：

1、近期并发症很多与手术相关和排斥相关，如手术以后的出血、感染、尿瘘。因为把输尿管接到膀胱上也有可能发生尿瘘，与排斥相关的早期超急性排斥、急性排斥、亚急性排斥都是肾移植相关近期并发症；

2、远期并发症包括很多，如糖尿病，服用他克莫司、激素都有升高血糖的作用，尤其是平时有糖尿病基础或者潜质的患者，会让糖尿病加重或者更容易罹患糖尿病。比如高血压、电解质紊乱都与抗排斥药物相关。还有一个远期的很重要的并发症是关于感染的问题，因为抗排斥药物都能影响免疫力，都是必须降低免疫力肾脏才不能排斥，同时细菌、真菌、病毒更容易侵犯，更容易罹患肺炎、腹泻等感染方面疾病，所以要注意预防。肾移植术后其实还存在其它比较少见的并发症，少见病原体感染。