肺囊虫病目前称为肺孢子菌肺炎，对于非艾滋病感染的任何程度的肺孢子菌肺炎，推荐将复方磺胺甲噁唑，即复方新诺明作为首选治疗药物。肾功能正常的患者以甲氧苄啶口服，如果无法使用复方新诺明的患者，可选用克林霉素加伯氨喹或甲氧苄啶，同时配用氨苯酚、阿托伐醌及静脉用喷他脒进行治疗。其他方法如吸氧或使用呼吸机改善机体缺氧情况，还可以适量应用激素。

肺囊虫病是由耶氏肺孢子菌引起的疾病。在池塘水、空气中、土壤可以检测出耶氏肺孢子菌的DNA，发病人群一般是有免疫缺陷的患者，易感人群包括艾滋病感染者、移植受者、癌症、使用糖皮质激素、化疗药物以及使用其它免疫抑制剂的患者。