咳嗽有痰的治疗主要包括病因治疗以及对症治疗。如果患者出现发热、脓性痰或重症咳嗽，需要应用抗生素。在没有禁忌的情况下，可以选用大环内酯类药物，比如红霉素、克拉霉素或阿奇霉素，还可以选择喹诺酮类药物，比如左氧氟沙星。对于流感病毒导致的咳嗽、咳痰，则可以应用奥司他韦等抗病毒药物，并且可适当应用镇咳药物。对久咳不愈的患者必要时可以使用可待因。
痰量较多较黏稠的时候，则可以应用一种祛痰剂，比如乙酰半胱氨酸、溴乙新、也可以雾化吸入乙酰半胱氨酸的雾化溶液。同时患者还需要注意保暖，多饮水、清淡饮食、避免吸烟、饮酒、避免进食辛辣、过甜、过咸的刺激性食物，并且避免接触过敏原等。
咳嗽是一种反射性的防御动作，通过咳嗽可以清除呼吸道内分泌物或异物。痰液是气管和支气管分泌的或肺泡内的渗出，借助咳嗽可以将痰排出。因此这种存在较多痰液的时候不建议止咳。呼吸系统的感染是引起咳痰的常见病因，包括细菌、结核菌、真菌、病毒、支原体或寄生虫感染。另外，异物、肿瘤、物理化学过敏等因素，也可以刺激气管和支气管引起咳嗽。
