通常选对咽喉镜型号，操作足够轻柔，一般不会引起患者明显的不适。电子喉镜在中国检查指南中被列为目前较为无创的检查，尤其对12岁以下小朋友，鼻咽喉部检查为所推荐的一类检查手段。目前鼻咽喉镜小、中、大号具较为齐备，且可以在表面麻醉甚至无麻的情况下进行，不需要空腹，随时可以检查，做电子咽喉镜患者，偶尔的不适一般可以耐受。
咽喉镜检查所引起的不适，主要是鼻腔异物感、鼻痒、容易打喷嚏。主要在喉部较敏感的患者中出现不适，表现为反胃、恶心。此时可以通过做检查前，鼻腔局部用减充血剂、口咽部用表面麻醉剂，可以减少鼻腔以及咽部的反射，进一步减轻不适症状。
