良性卵巢囊肿有时也会导致CA12-5升高，CA12-5升高不能作为鉴别良恶性的主要指标。CA12-5非常敏感，无论良性肿瘤还是恶性肿瘤，甚至感冒、发烧都有可能导致CA12-5升高。

CA12-5在临床上更重要的作用是作为随诊观察指标，如果已经确诊为恶性肿瘤，如手术后病理诊断为恶性肿瘤，CA12-5可以作为较好的随诊观察指标。而在随诊过程中，CA12-5逐渐下降属于较好的现象。而如果CA12-5逐渐升高，常常是肿瘤存在复发的迹象，需要进一步行PET-CT或者其他影像学检查，从而明确是否有复发结节，并且给予相应特异性治疗。