细菌霉菌混合性阴道炎即阴道同时被细菌和真菌感染，故治疗时比较棘手，也比较麻烦。因为治疗细菌感染用的是抗生素，而用抗生素可能会加剧霉菌性阴道炎症状。所以，这种情况一般要分开治疗。阴道局部用药时可用抗真菌药，比如制霉菌素、达克宁等抗真菌药，局部治疗真菌性阴道炎。至于细菌性阴道炎，可以口服抗生素。经过上述治疗，两个病通常都可达到比较好的治疗效果。
在抗炎治疗以后还可以放乳酸杆菌调节阴道菌群，因为乳酸杆菌对阴道是保护性细菌，乳酸杆菌可使其它致病菌不容易滋生，如此就可以更好的维护阴道细菌内环境达到菌群平衡状态，可以增加阴道自身抵抗力。
