胆肠吻合需要将生病或受损的胆管完整切除，胆囊也要同时切除，然后取一段小肠，把小肠打断，一端和胆管的断端进行端侧吻合。可以通过可吸收的缝线，将胆管和小肠进行吻合，形成吻合口，这样胆汁就可以流到肠内。而肠子的断端和另外的肠子再进行肠肠吻合，这样可保证肠道的完整性，还可以防止肠道内的内容物出现胆汁反流。

胆肠吻合术是胆道外科比较常用的一种手术方式，正常的胆道进入到十二指肠，而胆肠吻合是将胆管和肠道进行重建。其主要适用的疾病是胆道的肿瘤性疾病，或是胆道损伤胆管无法进行对端吻合，或是胰腺、十二指肠的疾病，需要联合胆道切除之后，再进行胆肠吻合。胆肠吻合的目的是将肝脏内的胆汁，通过胆肠吻合口，重新进入到肠道。