卵巢囊肿剥除术若不出现并发症，通常对身体并无太大危害。若出现并发症，则可能对身体造成伤害，卵巢囊肿手术可能出现相应的并发症，如出血，出血较多时对身体存在一定的影响。

在操作过程中也可能损伤到其他脏器，如出现肠管损伤、膀胱损伤，甚至尿管损伤等，均会对身体造成一定伤害，但在卵巢囊肿剥除术中出现的几率较低。在卵巢囊肿剥除时，容易忽视卵巢本身的伤害，由于囊肿剥除后，留下的卵巢创面容易渗血。有时医生不注意，会使用电凝的方法进行止血，但电凝对卵巢本身也会存在伤害，会使卵巢功能出现异常。