室间隔缺损按照病因可以分为先天性室间隔缺损，因为先天发育的原因导致的室间隔缺损，以及继发性室间隔缺损，常见于冠心病、急性心肌梗死。冠心病是营养心脏的血管，即冠状动脉的一个分支发生了堵塞，如果这个分支恰好是滋养室间隔的分支，堵塞了以后室间隔这部分心肌要坏死，坏死以后就会变得薄弱。室间隔是位于左心室和右心室之间的一个肌肉，左心室的压力高，右心室的压力低，这两边有压差，当这块肌肉坏死以后，左边高压强的血流会冲破坏死的肌肉，造成穿孔，到把血液从左心室分流到右心室，这就是继发性的室间隔缺损。
原发性的室间隔缺损常见于婴幼儿，成人也有，它的病因目前不是特别明确，但是跟几大因素有关系，遗传因素较常见，其它相关的影响因素有病毒、药物、环境因素，比如环境污染、毒物等等。总的来讲，室间隔缺损的病因包括先天性心脏病，以及冠心病引起急性心梗，继发的室间隔穿孔。