支原体和衣原体分别引起不同疾病，肺炎支原体可引起各种呼吸道疾病，如肺炎、气管炎呼吸道传染病，而且有传染性。解脲支原体和人型支原体引起更广泛泌尿生殖道疾病，如非淋病性尿道炎，引起男性前列腺炎、睾丸炎，女性输卵管炎，卵巢炎，引起不孕不育。肺炎衣原体可引起各种呼吸道疾病以及心血管疾病。衣原体中沙眼衣原体可引起各种沙眼和结膜炎、生殖泌尿系疾病。沙原衣原体可引起很多性传播疾病，尤其在西方国家非淋病性性传播疾病主要致病源，可引起很多尿道炎、输尿管、卵巢疾病，引起输卵管不畅导致不孕不育，导致胎儿畸形。两种不同致病微生物明确诊断后，可根据不同疾病治疗。