泌尿系结核通常是由于血行播散引起，多数患者已经存在肺结核，当肺结核发展到一定程度，结核菌沿着血液，通过血液循环到达肾脏，引起肾脏结核。如果患者的抵抗力比较弱，同时结核菌毒素比较强，则会发展成整个肾脏的结核感染，即结核肾。结核菌可沿着输尿管继续下行，侵犯到膀胱，引起膀胱结核，此类患者可表现为尿频、尿急等下尿路症状。

肾脏的结核最初定位在肾实质内，如果患者抵抗力比较强，身体素质比较好，则会将结核包裹在肾实质内，即周围的纤维素包裹可以使结核不发生扩散。此时患者的局部病灶会发生钙化，在肾脏的表现是局部小区域的钙化点。