房间隔缺损属于多基因遗传而非单基因遗传疾病，在先天性心脏病中较为常见且女性与男性比例大致为1.7:1。先天性心脏病发病与遗传、母体和环境因素有关，遗传因素包括单基因遗传缺陷如Holt-Oram，也包括染色体畸变如唐氏综合征等。

但多数先天性心脏病还是属于多基因遗传缺陷，即多种因素造成的疾病。其中母体因素主要包括感染和疾病，胎儿心脏发育期即早期妊娠3个月左右时，如果母亲出现风疹、发热、上呼吸道感染等病毒感染，会导致胎儿心脏房间隔发育异常。若母亲早孕期间接触大剂量射线或服用药物，也可能造成胎儿畸形包括心脏发育畸形，对于高龄产妇或母亲有糖尿病等代谢疾病的情况，也会发生房间隔缺损。