矮小症会隔代遗传，但遗传几率相对小，一般当代遗传几率较大。隔代遗传指在一家三代人中第一代和第三代出现类似表型，而第二代没有相似表型的现象，隔代遗传是表观遗传和数量遗传共同作用的结果。

个人身高增长受很多因素调控，虽然遗传因素占有重要作用，但矮小症病因较多，包括遗传因素、疾病因素、体质因素、营养因素、社会心理问题等。且并非所有矮小症都会遗传，若父母亲矮小是因后天因素造成，如母亲出生时有先天性心脏病或营养不良，该类矮小症就不会遗传，或某些儿童矮小症因生长激素不足造成，该类矮小症也不会遗传。