双侧基底节区腔隙性脑梗塞的治疗，基本上同正规、一般的脑梗死治疗一样。一般采取内科治疗方法，加上康复的治疗。内科治疗大部分是采用药物治疗，包括抗血小板聚集的药物，如阿司匹林、氯吡格雷等制剂。少数情况如果存在房颤，会使用华法林、利伐沙班等药物。极少数情况下，纤维蛋白较高，可以用降纤酶。

另外还可以用一些改善血液循环的中成药，包括血塞通制剂等，还可以用清除氧自由基的药物。上述药物的急性期使用，可以挽救尚未死亡的脑组织。如果存在一定的瘫痪，等待病情稳定以后，需要及时进行康复治疗，也叫物理治疗。而腔隙性梗死的一个特点是反复发作，所以要积极做好预防，尤其是注意控制好血压，注意血氧、血压的波动幅度避免过大。