咽喉结石大部分位于扁桃体隐窝内，隐窝内结石越来越多时，没有生长空间会从外面直接掉下来。由于扁桃体慢性炎症分泌物导致结石，扁桃体是蜂窝状结构，结石产生后，如果再有新结石产生，会和原来的结石形成整体。
当结石越长越大，吃饭时刮下或咳嗽时震下，都可能出现结石脱落。结石较多说明慢性扁桃体炎症比较严重，结石比较多时容易产生口臭。如果扁桃体经常有慢性炎症或扁桃体经常发炎，尤其是扁桃体1年反复炎症发作超过3-5次，建议切除扁桃体。
如果不切除，慢性扁桃体炎不发病时也有细菌隐藏在扁桃体隐窝内，甚至产生免疫复合物入血，免疫复合物会沉积在肾脏及心脏，容易引起肾炎和心肌炎。
