命门穴是督脉的重要穴位，在第2腰椎棘突下的凹陷中，主要用于治疗以下疾病：

1、泌尿系统疾病：因为命门穴在肾脏附近，对于尿频、尿急等问题有一定程度的治疗作用；

2、生殖系统疾病：命门穴对生殖系统有很好的调理作用，对于男性的遗精、阳痿、早泄、性欲下降、性功能低下有一定程度的治疗作用。另外，对于妇科疾病，如月经不调或者由于肾虚造成月经量少以及女性性欲冷淡，也有一定程度的治疗作用；

3、其他疾病：由于命门位于督脉上，所以对督脉的功能，比如对督脉的循行上，如背部、后颈部、后枕部的疾病以及症状，包括疼痛、肌肉劳损、肌肉僵硬，有一定程度的治疗作用。并且因为督脉通脑，所以对于神智方面的疾病，命门穴也有一定程度的调理作用。