各种非结核分枝杆菌，即NTM引起非结核分枝杆菌肺病预后不同。原发性肺结核分枝杆菌肺病、存在敏感药物治疗史、手术适应症。同时年龄较轻、非播散型、未与人型结核菌或HIV等混合感染，非结核分枝杆菌肺病预后较好。如堪萨斯分枝杆菌肺病多为原发性，对多种药物敏感，预后较好。

反之继发性、缺少敏感药物治疗或无手术适应症、年龄较大。且为播散型，与结核菌或HIV等病原微生物混合感染，预后较差。如胞内分枝杆菌及偶发分枝杆菌肺病多为继发，缺少敏感药物治疗，预后较差。