百日咳综合征是类似于百日咳的一系列症状的综合征，但和百日咳也有明显的不同。虽然它们都有反复、频繁的剧烈咳嗽，但是百日咳综合征很少会发生在咳嗽末期出现鸡鸣样的体征。因此，百日咳综合征需要和百日咳鉴别。主要的鉴别的要点有以下几点：
1、它们的病因不一样。百日咳主要是由于百日咳嗜血杆菌引起的感染，而百日咳综合征的原因还不是很明确，主要见于腺病毒的感染。因此它们在临床辨别上虽然症状类似，但是病因不同，转归也不同。需要到正规的医疗机构去做相应的甄别，进行相应检查；
2、百日咳综合征，要明确其主要症状与百日咳的不同之处；
3、在治疗过程中，百日咳综合征主要是对症治疗，保证气道通畅，减少咳嗽对人体造成的一系列病理、生理学反应。