慢性肠炎治疗要具体情况具体分析，临床常见是由细菌感染引起，主要可给予抗菌治疗，一般为革兰氏阴性杆菌引起，喹诺酮类药物治疗可能更有效。

放射性肠炎在治疗上主要是去除病因，可以加用肠黏膜保护药，调节肠道微生态，加益生菌治疗。此外，还有炎症性肠病，主要包括溃疡性结肠炎和克罗恩病，由于发病机制不清，临床治疗主要以5-氨基水杨酸类为代表药物治疗。如果此类药物治疗控制效果不佳，必要时可加用激素，甚至免疫抑制剂。