肠镜检查原理是使用一根可视电子肠镜从患者肛门或造口部位插进后，经过肠腔一直插到回盲部，然后逐渐推进，会观察到各部位有无占位性病变或本身肠道有无先天性异常、结构异常，另外观察到肿块还可取出进行病理活检以明确诊断。

在进行肠镜检查过程中，可能会有肠镜牵拉作用引起内脏疼痛与不适，绝大部分患者可耐受，少部分患者因为有生理性改变，肠道扭曲可能会引起疼痛与不适。目前也有无痛肠镜检查方法，部分患者如果无麻醉禁忌症，可通过麻醉进行无痛肠镜。