先天性甲低患儿一旦确诊，就必须立即治疗。临床一般是口服左旋甲状腺素片，尽量让患儿的甲状腺功能在生后2周内达到正常。在随访过程当中，甲状腺素治疗需要个体化，甲状腺治疗的剂量也应随静脉血的甲状腺功能进行调整，使甲状腺的游离甲状腺素维持在正常平均水平的上限，促甲状腺素水平维持在正常范围之内。先天性甲低患儿在治疗过程当中，应定期监测甲状腺功能，初始治疗2周以后必须复查。患儿在调整服用剂量时，应在1个月以后复查甲状腺功能。

先天性甲状腺功能低下的患儿一般治疗2-3年。1岁以内每3个月复查一次甲状腺功能，1岁以上3-4个月复查一次甲状腺腺功能，3岁以上6个月复查一次甲状腺功能，并同时进行体格发育评估，在1岁、3岁、6岁时，进行智力发育评估。但是如果在治疗过程当中进行了剂量的调整，必须在1个月以后，定期监测甲状腺功能。