咽喉囊肿在临床上癌变几率较小。咽喉囊肿包括会厌囊肿、咽侧壁囊肿、扁桃体周囊肿，均为良性疾病不易癌变。但咽喉囊肿如果体积较大，会影响相应功能。具体如下：
1、会厌囊肿：囊肿肿大后压迫会厌，引起呼吸不畅，甚至吞咽时会厌关闭功能受到影响，引起进食呛咳；
2、咽侧壁、扁桃体窝囊肿：囊肿肿大后压迫周围组织和器官，出现异物感。若囊肿较小通常无需处理，如果有增大趋势，则需要积极手术治疗。
总之，咽喉部囊肿，如会厌囊肿、扁桃体囊肿，手术虽然较小，但需要积极处理。处理后通常对患者并无较大影响。