肛肠检查主要有三种方法：
1、肛门部的视诊：视诊就是望诊，即采取正确的体位进行观察，检查时根据怀疑病种的不同，采用不同的体位，一般比较方便的体位是侧卧位或者是膝胸卧位。如果要检查一些脱出性疾病，可能需要让患者蹲着往下用力，不用力的时候可能脱不出来、看不到，所以根据检查的情况选择合适的体位之后进行视诊，观察肛门的位置、形态、有没有脱出物，肛门周围的皮肤有没有红肿、有没有长其它的结节，或者是有没有翻出物、有没有裂口、有没有瘘管等；
2、肛管直肠的指诊：用手指头做指诊，主要用于判断肛门括约肌的功能，判断是不是有括约肌的痉挛、狭窄、松弛等情况，再检查直肠内、肛管部位有没有硬结、有没有结节、有没有肿物、有没有其它可触物等，判断直肠内有没有粪便的滞留或者有没有其它异物残留，都可以通过直肠指诊触摸到；
3、肛门镜或者直肠镜检查：属于窥镜检查，可以观察到直肠内部黏膜情况，如黏膜是不是正常，黏膜有没有充血、有没有水肿或者有没有溃疡、有没有息肉、有没有肛乳头、有没有痔疮等，都可以通过肛门部的窥镜检查进行观察，比较直接。
常用的基本肛肠检查大概是以上三种，对于通过以上三种检查方法不能完全明确的疾病，在必要情况下，可进行B超、CT、磁共振、全结肠镜检查等。