碘酒实际上为游离态碘，即碘单质与酒精混合物，能够形成一种短期内相对稳定溶液。碘单质具有极强氧化性，能够破坏病原体细胞结构细胞膜，而且还能破坏病原体内蛋白质。

一般来讲，碘酒具有较强消毒、消杀作用，但碘酒由于消毒和消杀作用过强，可能对皮肤以及人体黏膜组织具有烧蚀副作用，甚至造成皮肤黏膜、溃疡。

因此碘酒无法应用于黏膜内、黏膜上，同时碘酒消毒后还需要使用酒精进行脱碘，整个过程较为繁琐，目前通常碘伏已经替代碘酒消毒作用。