龟头炎患者主要的用药并不是口服药，而是外用药，但如果是严重的包皮龟头炎，确实可以配合口服的药物，主要是抗球菌的药物，可以采用头孢一代、头孢二代抗菌素，或者喹诺酮类抗生素，因为这些抗生素都可以有效地针对球菌，有一定的治疗作用，因为包皮龟头炎主要是球菌导致。
龟头炎患者常用的外用药主要是高锰酸钾，可进行龟头或者包皮局部的外洗治疗，但如果高锰酸钾的浓度过高，有可能对局部的龟头和皮肤造成损伤。
除了高锰酸钾外还有其他溶液，对于包皮龟头炎也有一定的治疗作用，比如聚维酮碘溶液、中药的皮肤康洗液等，还可以采用中草药煎汤外洗的方法，常用的中草药有黄芩、黄柏、大黄、苦参、白鲜皮等。
