腘窝囊肿是发生在膝关节后方的囊肿，常伴有膝关节损伤。囊肿一旦发生，一般会逐渐增大，造成腘窝张力增加，压迫局部器官组织，因此需要积极手术治疗。手术包括传统手术囊肿切除术和关节镜治疗，因为常伴有膝关节损伤，比如半月板损伤，因此需要在行囊肿切除术的同时进行膝关节半月板损伤修复，否则容易复发。

比较小的囊肿可以进行微创治疗，通过注射器抽取囊肿内液体，然后再注入硬化剂以硬化囊壁，可以有一定效果。