做肠镜有一定的痛苦，因为纤维结肠镜大约一米多长，全部需要进到结肠里，尤其在通过两个拐弯时，即左侧腹部与右侧腹部的横结肠与降结肠、横结肠与升结肠拐弯时，即肝区和脾区时，会多少感觉有些肚子疼。

但根据人的耐受性不同，有的人做肠镜没有感觉，可能痛阈较高。较敏感的人在通过两个弯曲时感觉较疼，所以因人而异。做肠镜有的人没有感觉，而有的人无法耐受，所以根据具体情况可以选择无痛或者常规肠镜检查。

无痛肠镜是进行较浅的麻醉，睡一觉的时间就可以做完肠镜，可避免过度的疼痛或痛苦。