病毒性脑膜炎后遗症与病毒侵犯大脑部位有关。因为大脑是按照功能区定位，如果影响到某一功能区域变化，就会出现相应后遗症。

如影响肢体功能，患者会出现行走不稳、肢体偏瘫，或者出现癫痫。有些患者会出现喜怒无常、大哭大闹，有些会影响智力发育。部分患者会出现视力、听力障碍，还会影响体温变化。以上主要与病毒性脑膜炎损伤大脑核团有关系，所以病毒性脑膜炎后遗症多种多样，并不固定于某一个模式上面。