病毒性脑膜炎病程相对短，临床预后相对比较好，治疗效果比较好，是良性的自限性疾病。病毒性脑膜炎的治疗分为三步：
1、病因治疗，抗病毒治疗药物包括核苷类似物，阿昔洛韦主要针对单疱病毒，更昔洛韦主要针对巨细胞病毒，还包括阿糖胞苷、病毒唑这一类药物。还包括非核苷类似物膦甲酸钠，主要针对巨细胞病毒，还有蛋白酶抑制剂，主要针对人类疱疹病毒；
2、对症治疗，发热需要退热，头痛需要镇痛，出现颅压增高就需要颅压控制，注意维持水电解质的平衡；
3、如果病人比较凶险，合并脑炎及其它并发症，需要处理并发症。
但是总体而言其临床预后很好，要规范治疗。