对于细菌性脑膜炎，治疗疗程即是抗菌药物的应用疗程，疗程结束是评价指标，停用抗生素时间节点即认为已治愈。肺炎链球菌脑膜炎疗程一般是10-14天，治疗2周后一般认为治愈。流感嗜血杆菌一般需要1周左右或7-10天。部分葡萄球菌治疗疗程需要2周，或者更长时间。对于其它耐药细菌引起的化脓细菌性脑膜炎，疗程可能会更长，甚至需要4-6周。

不同微生物病种、不同感染时期所需疗程不同，在这过程中有很多评价指标，比如影像学指标、脑脊液指标，可评判疗程，还可依靠临床症状判断疗程，如发热、头痛等症状有无缓解。