消化不良原因较多，主要和新生儿体质、新生儿患病、新生儿乳品有关。因此处理消化不良时，需要针对不同情况进行不同处理。一般对消化不良处理包括腹部按摩或推拿等手法治疗，也可以服用健脾胃药物或益生菌帮助消化。当然，有时要调节母亲饮食结构帮助缓解消化不良症状，可能还需要更换乳品。

新生儿消化不良症状较多，包括呕吐、食欲下降、进食量少、腹胀、大便量减少、大便量增多、便秘等，均属于消化不良征象。民间还认为大便性状发生变化，如大便里出现颗粒状物体或者所谓奶瓣，其均为消化不良的症状。