新生儿化脓性脑膜炎是比较严重疾病，其死亡率较高，发生后遗症几率也较高。新生儿化脓性脑膜炎常见后遗症包括癫痫、感应性耳聋、神经运动发育异常、智力低下、学习困难、学习障碍等。

发生化脓性脑膜炎时，一定要积极配合治疗，要足量疗程，长期观察才能够减少后遗症发生。一旦发生以上后遗症时，针对后遗症还应该进行相应治疗。如在癫痫发生时可能要进行癫痫灶消融，部分患儿可能要长期服抗癫痫药。如果出现精神运动发育障碍、智力低下等状况，可能面临长期康复治疗。