不是所有肾结石都需要手术取石或碎石，如果结石较小，在体内无疼痛、感染，患者无积水，临床上称静止性结石，若对身体无损害可不处理。如果结石大于1cm，患者有积水，对肾功能有损害，需要进行手术治疗。结石引起的感染，如果通过药物治疗效果不佳，这种情况需要手术治疗。还有泌尿系结石，若通过排石、体外碎石保守治疗无效，需要考虑手术治疗。
肾结石手术有体外碎石、切割取石、输尿管镜、输尿管硬镜、输尿管软镜、碎石取石术。如果结石在体内引起感染、积水，对肾功能有损害需要进行处理，若不处理轻者患者肾脏会受到损害，重者可能会丢失肾脏。所以结石引起积水需进行处理，处理办法有体外碎石、微创碎石、经皮肾镜，严重的患者需开刀碎石，即开放取石术。