尿路感染主要依靠尿液的炎症改变及病原学的检查确诊，其次是临床表现及辅助检查。患者入院后，尿里白细胞增多，每个高倍视野5个以上，基本可以考虑为尿路感染。
少数患者出现血尿，尿中出现白细胞管型及尿蛋白增多，说明已经逆行感染，进而引起肾盂肾炎。当清洁尿中的中段尿细菌数大于105CFU/ml，可确诊为尿路感染，小于104CFU/ml，认为是尿液污染。
对于无法留取标本的老年人、婴幼儿或截瘫患者，可采取膀胱穿刺留尿，然后行尿培养。大部分入院患者都有尿频、尿急、尿疼甚至腰疼症状，严重患者可出现尿热，甚至出现局部尿失禁，这类患者入院后需行尿常规检查，进行尿培养和药敏试验，可根据药敏试验的结果进行治疗。