大部分情况下，核磁共振比CT更准确，因为磁共振是三维立体结构，所以对于任何病变显示较好。其次它的分辨率比CT高，且对于组织内容的检查不受骨头伪影的影响，所以对于颅脑里的结构显示比CT清楚。

但是CT也有自身优势，即起效比较快，对于出血性疾病，尤其是急性出血，CT比核磁共振准确。核磁共振对于陈旧性出血分辨率高，但对急性出血以及不同时段的出血，分辨率即表现也完全不同。