肝内胆管结石患者主要症状是肚子疼、发烧、黄疸等表现。肝内胆管结石的表现主要是肝内胆管结石堵塞胆管引起，比如堵塞肝内一侧胆管或者双侧胆管的时候引起胆管炎或引起梗阻表现。

若结石堵到肝外胆管，特别是胆总管引起梗阻性黄疸，甚至胆管炎的表现。因为肝内胆管和肝内动脉和静脉可形成鞘膜，肝内胆管如结石较大，胆管扩张压迫包膜里的胆管动脉、静脉，使动脉和静脉血供减少，甚至产生闭塞，闭塞后远端支配的肝组织产生萎缩，产生纤维化。多次的炎症使胆管壁产生增厚甚至狭窄纤维化，个别患者甚至发生癌变。