肝内胆管结石不好治，肝内胆管结石走行复杂，手术操作相对复杂。肝脏本身组织结构比较复杂，血供丰富，切肝风险比较大，并且肝内胆管结石患者切肝后，也有部分病人再长结石。还有双侧肝内胆管都有结石的病人，切肝本身不能解决肝内胆管结石的问题，特别是取石头后结石有复发可能。

手术，特别是胆肠吻合以后反流性胆管炎的发生率较高。还有一部分病人不管胆囊吻合还是肝切除，都有再复发结石的情况，胆囊吻合后肠液跟胆管接触，癌变的发生率大概在5%-10%，所以肝内胆管结石到目前为止是非常棘手的良性疾病。