目前胃黏膜保护剂种类较多，不同种类作用机理不相同，需针对疾病病因选择用药，不存在更好或最好。如中和胃酸、形成保护膜类的胃黏膜保护剂可作用于食管和胃黏膜表面，阻隔食物、酸或胆汁、有害成分侵袭；还有的胃黏膜保护剂可提供有利的因子。根据不同作用机制、不同症状和疾病，应选择不同的胃黏膜保护剂进行治疗。如铝碳酸镁，除抗反流酸之外，还可以螯合胆汁，减少胆汁对胃黏膜的刺激，对于胆汁反流患者较为合适。
总之，部分胃黏膜保护剂可阻隔胃和食管黏膜中有害成分，防止胃黏膜损伤；部分胃黏膜保护剂可提供前列腺素以减少氧自由基损伤、促进黏膜修复、减少局部炎症反应；部分胃黏膜保护剂更适合于特殊人群。此外，部分胃黏膜保护剂含有重金属成分，老年人或肾脏功能较差者需慎用或短期应用。
