扁桃体发炎，如果确定是细菌感染所致的急性化脓性扁桃体发炎，可以酌情使用抗生素。一般首选抗生素是青霉素类的抗生素，比如阿莫西林，通常还要连续使用，一般就能有效治愈并有效预防复发。
克林霉素也属于广谱抗生素，细菌感染引起的扁桃体发炎也可以用，也有一定的效果，只是不像阿莫西林作为首选药物而言。上述广谱抗生素对于一般的细菌感染都有一定效果，并有效预防复发。
当然在使用抗生素之前，要首先确定是由细菌感染导致的急性化脓性扁桃体炎。因为扁桃体炎有时是由病毒感染导致的非化脓性扁桃体炎，此种情况只表现为扁桃体红肿，扁桃体没有明显化脓，扁桃体可以有疼痛，但是疼痛一般不会很严重，发热一般不会连续超过3-5天，此种情况常说明是病毒感染。
而病毒感染一般观察就可以，一般会在1周左右逐渐自愈，不需要用药治疗。另外，慢性扁桃体炎常和胃酸反流的刺激有关系，需要使用抑制胃酸的药物治疗才能取得好的疗效。
